電子申請は、従来書面によって行っている申請手続を、インターネットを利用して行うシステムです。日本学術振興会では、一部の募集事業について平成17年度分（平成16年度受付）より、電子申請システムを利用して申請を受け付けてきました。
　 平成22年度分より、文部科学省が運用する府省共通研究開発管理システム(e-Rad)との連携を強化して運用を行って参ります。 　そのため、科研費電子申請システムを利用する場合には、e-Radを使用できるよう事前準備とID・パスワードが必要となります。